Abstract
Original language | English |
---|---|
Pages (from-to) | 968-+ |
Journal | Nature Genetics |
Volume | 50 |
Issue number | 7 |
DOIs | |
Publication status | Published - Jul 2018 |
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In: Nature Genetics, Vol. 50, No. 7, 07.2018, p. 968-+.
Research output: Contribution to journal › Article › Academic › peer-review
TY - JOUR
T1 - A transcriptome-wide association study of 229,000 women identifies new candidate susceptibility genes for breast cancer
AU - BCAC
AU - Wu, Lang
AU - Shi, Wei
AU - Long, Jirong
AU - Guo, Xingyi
AU - Michailidou, Kyriaki
AU - Beesley, Jonathan
AU - Bolla, Manjeet K.
AU - Shu, Xiao-Ou
AU - Lu, Yingchang
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AU - Brenner, Hermann
AU - Brinton, Louise
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AU - Dos-Santos-Silva, Isabel
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AU - Håkansson, Niclas
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AU - Hein, Alexander
AU - Hicks, Belynda
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AU - Hollestelle, Antoinette
AU - Hoover, Robert N.
AU - Hopper, John L.
AU - Huang, Guanmengqian
AU - Humphreys, Keith
AU - Hunter, David J.
AU - Jakubowska, Anna
AU - Janni, Wolfgang
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AU - Johnson, Nichola
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AU - Jones, Michael E.
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AU - Khusnutdinova, Elza
AU - Kosma, Veli-Matti
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AU - Lambrechts, Diether
AU - le Marchand, Loic
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AU - Lindström, Sara
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AU - Loibl, Sibylle
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AU - Lux, Michael P.
AU - MacInnis, Robert J.
AU - Maishman, Tom
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AU - Mannermaa, Arto
AU - Manson, JoAnn E.
AU - Margolin, Sara
AU - Mavroudis, Dimitrios
AU - Meindl, Alfons
AU - Menon, Usha
AU - Meyer, Jeffery
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AU - Nevanlinna, Heli
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AU - Swerdlow, Anthony J.
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AU - Terry, Mary Beth
AU - Tessier, Daniel C.
AU - Thomas, Abigail
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AU - Tollenaar, Rob A. E. M.
AU - Torres, Diana
AU - Truong, Thérèse
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AU - Vachon, Celine
AU - van den Berg, David
AU - Vincent, Daniel
AU - Weinberg, Clarice R.
AU - Wendt, Camilla
AU - Whittemore, Alice S.
AU - Wildiers, Hans
AU - Willett, Walter C.
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AU - Xia, Lucy
AU - Yang, Xiaohong R.
AU - Ziogas, Argyrios
AU - Ziv, Elad
AU - Dunning, Alison M.
AU - Pharoah, Paul D. P.
AU - Simard, Jacques
AU - Milne, Roger L.
AU - Edwards, Stacey L.
AU - Kraft, Peter
AU - Easton, Douglas F.
AU - Chenevix-Trench, Georgia
AU - Zheng, Wei
PY - 2018/7
Y1 - 2018/7
N2 - The breast cancer risk variants identified in genome-wide association studies explain only a small fraction of the familial relative risk, and the genes responsible for these associations remain largely unknown. To identify novel risk loci and likely causal genes, we performed a transcriptome-wide association study evaluating associations of genetically predicted gene expression with breast cancer risk in 122,977 cases and 105,974 controls of European ancestry. We used data from the Genotype-Tissue Expression Project to establish genetic models to predict gene expression in breast tissue and evaluated model performance using data from The Cancer Genome Atlas. Of the 8,597 genes evaluated, significant associations were identified for 48 at a Bonferroni-corrected threshold of P < 5.82 × 10-6, including 14 genes at loci not yet reported for breast cancer. We silenced 13 genes and showed an effect for 11 on cell proliferation and/or colony-forming efficiency. Our study provides new insights into breast cancer genetics and biology.
AB - The breast cancer risk variants identified in genome-wide association studies explain only a small fraction of the familial relative risk, and the genes responsible for these associations remain largely unknown. To identify novel risk loci and likely causal genes, we performed a transcriptome-wide association study evaluating associations of genetically predicted gene expression with breast cancer risk in 122,977 cases and 105,974 controls of European ancestry. We used data from the Genotype-Tissue Expression Project to establish genetic models to predict gene expression in breast tissue and evaluated model performance using data from The Cancer Genome Atlas. Of the 8,597 genes evaluated, significant associations were identified for 48 at a Bonferroni-corrected threshold of P < 5.82 × 10-6, including 14 genes at loci not yet reported for breast cancer. We silenced 13 genes and showed an effect for 11 on cell proliferation and/or colony-forming efficiency. Our study provides new insights into breast cancer genetics and biology.
UR - https://www.scopus.com/inward/record.uri?partnerID=HzOxMe3b&scp=85048695897&origin=inward
UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29915430
U2 - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0132-x
DO - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0132-x
M3 - Article
C2 - 29915430
SN - 1061-4036
VL - 50
SP - 968-+
JO - Nature Genetics
JF - Nature Genetics
IS - 7
ER -