Investigating viral evolution by next-generation sequencing

Influenza virussen zijn in staat om de species barrière van dier naar mens te doorkruisen en ernstige morbiditeit en mortaliteit te veroorzaken in zijn geïnfecteerde gastheer. Een van de grootste angsten is dat deze virussen, nadat ze succesvol de species barrière zijn doorkruist, de capaciteit verkrijgen om efficiënt mens-tot-mens infecties te veroorzaken via de lucht wat tot een nieuwe pandemie zou leiden. De benodigde adaptieve stappen die hiervoor nodig zijn, zijn onbekend en nieuwe inzichten in de onderliggende evolutionaire processen zijn urgent nodig. Wij hypothetiseren dat door gebruik te maken van next-generation sequencing (NGS) methodes we in staat zouden zijn om een veel meer gedetailleerd beeld te kunnen krijgen van de influenza quasispecies dan ooit tevoren. Dit zou de ontcijfering van de evolutionaire adaptieve stappen van influenza sterk kunnen verbeteren. Deze thesis geeft een overzicht van het onderzoek dat we hebben uitgevoerd met gebruikmaking van NGS-benaderingen. Het werk dat in deze thesis wordt gepresenteerd maakt het mogelijk om een meer accurate detectie en karakterisatie te doen van virale minderheidsvarianten in klinische en onderzoekssamples. De verkregen kennis kan gebruikt worden om genoemde methodes toe te passen in klinisch diagnostische procedures en toekomstige gedetailleerde studies dat de accurate detectie van virale minderheidsvarianten vereist.